Thành lập năm 1968, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường Đại học Y Dược - Đại học Thái Nguyên là tổ chức chính trị xã hội của học sinh sinh viên nhà trường, trực thuộc sự quản lý của Đoàn Đại học Thái Nguyên. Dưới sự chỉ đạo sát sao của Đảng uỷ, Đoàn cấp trên và sự phối hợp nhịp nhàng với các đơn vị bạn, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh nhà trường tiếp tục phát huy truyền thống, liên tục được củng cố, kiện toàn và hoạt động thiết thực hiệu quả. Kể từ khi thành lập đến nay, cùng với sự phát triển đi lên không ngừng của nhà trường, Đoàn trường cũng không ngừng lớn mạnh cả về số lượng, chất lượng, nội dung các phong trào. Đoàn Thanh niên là nơi tổ chức rèn luyện bồi dưỡng về tư tưởng, thường xuyên tổ chức các buổi sinh hoạt chính trị, vận động tuổi trẻ nhà trường “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh” , khuyến khích động viên, học sinh, sinh viên học tập nâng cao trình độ chuyên môn, nghiên cứu khoa học, luôn hướng đoàn viên thanh niên vào các hoạt động văn, thể, mỹ, công tác xã hội tình nguyện...Đoàn thanh niên là nơi giới thiệu cho chi uỷ, Đảng uỷ những hạt nhân ưu tú có động cơ phấn đấu vào Đảng chính đáng.

Các hoạt động bổ ích luôn được Đoàn trường tổ chức như: hội thảo chuyên môn, thảo luận chuyên đề, cuộc thi tài năng trẻ tin học - ngoại ngữ, hội thi Cán bộ Đoàn giỏi, thi SV2012 do VTV3 tổ chức, các giải đấu thể thao...thu hút được nhiều sinh viên tham gia. Học sinh sinh viên nhà trường luôn chấp hành tốt chỉ thị Hai không với bốn nội dung do Bộ Giáo dục và Đào tạo phát động. Kết quả học tập hàng năm của học sinh sinh viên nhà trường luôn đạt trên 50% khá trở lên, xếp loại tốt nghiệp gần 100%, tỷ lệ xếp bằng Giỏi đạt xấp xỉ 7% ở mỗi khoá tốt nghiệp. Các phong trào thể dục thể thao, văn hoá văn nghệ được tổ chức đều đặn nhận sự hưởng ứng nhiệt tình của học sinh sinh viên nhà trường, tạo không khí thi đua sôi nổi trong nhà trường. Tuổi trẻ nhà trường luôn thường xuyên, tích cực tham gia các hoạt động tình nguyện tại chỗ như duy trì hoạt động các Câu lạc bộ tình nguyện (đến nay đã có 10 Câu lạc bộ đang được hoạt động có hiệu quả), điển hình nhất là Đội thanh niên an ninh xung kích, CLB Ngoại ngữ, CLB tình nguyện hiến máu... ngoài ra là các hoạt động tình nguyện hè, khám chữa bệnh cho đồng bào các dân tộc miền núi phía Bắc. Việc duy trì đều đặn hoạt động của các Câu lạc bộ tình nguyện sẽ là một hình thức hoạt động mới của tuổi trẻ khi hình thức đào tạo chuyển sang tín chỉ. Công tác bồi dưỡng giáo dục để mỗi Đoàn viên sinh viên phấn đấu trở thành Đảng viên luôn nhận được sự quan tâm từ nhiều phía. Hàng năm, Đoàn trường giới thiệu cho Đảng bộ hàng trăm Đoàn viên ưu tú và số sinh viên được kết nạp Đảng luôn đạt số 80 trở lên, đứng đầu trong các đơn vị thuộc Đại học Thái Nguyên.