Là tổ chức chính trị - xã hội của sinh viên Việt Nam, tổ chức Hội sinh viên Trường Đại học Y khoa được thành lập năm 1988 theo đề xuất của Ban Chấp hành Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Viện - Trường Đại học Y Bắc Thái khóa VII, dưới sự hướng dẫn của Trung ương Hội sinh viên Việt Nam. Hội sinh viên trường vinh dự là tổ chức Hội sinh viên đầu tiên của các trường Đại học, Cao đẳng đóng trên địa bàn tỉnh lúc bấy giờ. Hội sinh viên nhà trường trực thuộc Trung ương Hội, có đại diện tham gia trong Ban Thư ký Trung ương Hội Sinh viên Việt Nam.
Từ năm 2004, Hội Sinh viên Nhà trường cùng với tổ chức Hội Sinh viên của các trường Đại học Sư phạm, Đại học Kỹ thuật Công nghiệp và Đại học Nông Lâm trở thành các thành viên của tổ chức Hội Sinh viên Đại học Thái Nguyên.
Qua các giai đoạn phát triển và qua 8 kỳ Đại hội, đến nay Hội sinh viên trường Đại học Y – Dược có trên 8000 hội viên, sinh hoạt tại 99 chi hội và 10 câu lạc bộ.
Chương trình hoạt động của Hội sinh viên được xây dựng hàng năm với những hoạt động thiết thực và hiệu quả như: Hoạt động chào tân sinh viên; Kỷ niệm ngày truyền thống Học sinh sinh viên Việt Nam 9/1; Hội thao các Câu lạc bộ tình nguyện; Tọa đàm về phương pháp học tập và rèn luyện ở trường đại học; các chương trình giao lưu văn nghệ, thể thao; thành lập và duy trì hoạt động của các câu lạc bộ, đội, nhóm sở thích; vận động 100% sinh viên đứng trong tổ chức Hội; chương trình tình nguyện Mùa hè xanh, tiếp sức mùa thi; cuộc vận động “Sinh viên 5 tốt” ... Hội Sinh viên nhà trường cùng sát vai với Đoàn thanh niên luôn hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ, là chỗ dựa tin cậy của sinh viên nhà trường.
Những hình thức khen thưởng đã đạt được:
Từ ngày thành lập, với sự phấn đấu không ngừng của các thế hệ cán bộ, sinh viên, Hội sinh viên trường đã nhận được nhiều Bằng khen, cờ thi đua, giấy khen của Hội sinh viên Đại học Thái Nguyên, của Tỉnh Hội và Trung ương Hội trao tặng cho các tập thể và cá nhân, như:
+ Cờ thi đua của Trung ương Hội: 2002 – 2005; 2006 – 2007; 2009 – 2012. Cờ ghi nhận thành tích trong công tác Hội nhân 40 năm thành lập trường
+ Cờ cho đơn vị Đạt giải nhất Hội thi tìm hiểu luật giao thông đường bộ và lái xe an toàn khu vực phía Bắc 2011
+ Bằng khen của Trung ương Hội sinh viên Việt Nam tặng đơn vị có thành tích xuất sắc trong công tác Hội và phong trào sinh viên năm học: 2008 – 2009; 2009-2010; 2010 – 2011; 2011 – 2014; 2014 – 2015; Nhiều cá nhân đạt giải thưởng “Sao tháng giêng”, danh hiệu “Sinh viên 5 tốt” các cấp,...
LÃNH ĐẠO HỘI SINH VIÊN QUA CÁC THỜI KỲ
Đồng chí Phan Bá Đào Chủ tịch (1988 - 1991)
Đồng chí Trần Quý Tường Chủ tịch (1991 - 1994)
Đồng chí Đồng Quang Sơn Chủ tịch (1994 - 1996)
Đồng chí Đàm Ngọc Trâm Chủ tịch (1996 - 1999)
Đồng chí Hà Thị Thương Chủ tịch (1999 - 2001)
Đồng chí Đặng Đức Minh Chủ tịch (2001 – 2005)
Đồng chí Nguyễn Khắc Hùng Chủ tịch (2005 – 2008)
Đồng chí Tạ Quốc Bản Chủ tịch (2008 – 2010)
Đồng chí Lê Thành Trung Chủ tịch (2010 – 2011)
Đồng chí Nguyễn Quang Đông Chủ tịch (2011 – 2015)
Đồng chí Nguyễn Xuân Thành Chủ tịch (2015 – nay)